Trung Quốc vẫn tiếp tục là quốc gia dẫn đầu với 5 HCV, trong đó có 3 thí sinh đạt điểm cao nhất của cả kỳ thi. Tiếp theo là các đoàn Đài Loan, Hàn Quốc, Ấn Độ, Mỹ, Việt Nam, Thái Lan...Với 4 HCV và 1HCĐ, đoàn Việt Nam nằm trong top 10, đạt thành tích cao nhất từ trước đến nay và là năm đạt nhiều huy chương nhất.
Phát biểu bế mạc cuộc thi Phó Thủ tướng, Bộ trưởng GD-ĐT nhấn mạnh: "376 thí sinh đã tham gia một kỳ thi mà tất cả các em đều là người chiến thắng. Hi vọng rằng trong tương lai các em sẽ đóng góp tài năng và trí tuệ của mình cho sự phát triển, thịnh vượng và hòa bình chung của thế giới". Sau thành công của Olympic toán học năm 2007 và Olympic Vật lý năm nay, cộng đồng khoa học thế giới mong muốn Việt Nam sẽ tiếp tục đăng cai tổ chức Olympic Quốc tế các môn hóa học, sinh học. Olympic Vật lý lần thứ 40 sẽ diễn ra tại Mexico vào tháng 7/2009.
Cũng taị lễ bế mạc thí sinh đạt tổng điểm cao nhất (Trung Quốc), thí sinh có điểm lý thuyết cao nhất (Trung Quốc), thí sinh đạt điểm thực hành cao nhất (Đài Loan), thí sinh nữ xuất sắc nhất (Rumani) và thí sinh của đội lần đầu tham dự có thành tích tốt nhất (Chile) đã được nhận các giải thưởng đặc biệt. Bên cạnh đó các thí sinh này còn được quỹ gặp gỡ Viêt Nam trao phần thưởng trị giá 6000 USD. Huỳnh Như Toàn (Trường THPT chuyên Lê Quý Đôn, Đà Nẵng) Huy chương vàng Đỗ Hoàng Anh (Khối chuyên Lý, ĐH Khoa học Tự nhiên, ĐHQG Hà Nội) Huy chương vàng Nguyễn Tất Nghĩa (Trường THPT chuyên Phan Bội Châu, Nghệ An) Huy chương vàng Nguyễn Đức Minh (Trường THPT Hà Nội – Amsterdam) Huy chương vàng Trần Anh Vũ (THPT Dân lập Đào Duy Từ) Huy chương đồng